子宫内膜异位症的确诊主要是根据病人的症状，在月经期的时候会出现明显的痛经症状，通过B超检查在附件区，尤其是卵巢上会发现有巧克力囊肿，可以确诊为子宫内膜异位症。

　　如果是子宫腺肌症，会伴有月经量增多，并且有进行性加重的痛经，导致不孕不育。通过B超检查会发现，在子宫肌层会有多个囊性的暗区，结合临床病史可以诊断子宫腺肌症。

　　另外也可以抽血检查CA125，如果是子宫内膜异位症的情况，CA125会出现轻度的升高，有助于明确诊断。子宫内膜异位症绝大部分会引起进行性加重的痛经，并且有可能会导致不孕不育。

　　腹腔镜检查。这个为子宫内膜异位症确诊十分常见的方法，利用腹腔镜直观地窥视女性盆腔，见到异位病灶或对可见之病灶去做活检鉴定，还可以根据镜检的情况决定女性盆腔子宫内膜异位情况的临床分期及确定治疗方案。

　　子宫输卵管造影子宫内膜异位症确诊。由于子宫后壁、宫骶韧带，直肠及附件等的异位病灶，以致子宫后位，固定而形成蘑菇状或太阳伞状。卵巢呈囊性增大，伞端周围碘油残留。输卵管常通畅或通而欠畅。由于盆腔内粘连，24小时X线复查见盆腔内碘油呈小团块状，粗细不等，点状雪花样分布。